融合基因与疾病的预后关系密切，对于指导临床个性化治疗方案的选择和判断预后具有十分重要的意义。急性白血病：PML/RARA，CBFB/MYH11，AML1/ETO融合基因预后较好，化疗完全，缓解率高，可长期缓解或治愈；而对于有MLL异常、MYC/IgH融合基因的AML，BCR/ABL融合基因的ALL对化疗反应差，复发率高，有了融合基因的检测，初治时可进行指导，并选择科学合理的长期治疗方案，避免不必要的治疗或过度治疗。
